A VKKI vízrajzi feladatait a felsorolt tevékenységek - adott követelmények szerinti - szakmai hátterének biztosítása, a középtávú és operatív irányítói szerepkör ellátása adja. Ennek érdekében végzendő feladatok:
- a vízügyi igazgatási szervek vízrajzi tevékenységének országos szintű irányítása, szakmai felügyelete, ellenőrzése;
- az éves működési, fenntartási és beruházási tervek előkészítése, jóváhagyása;
- a vízrajzi minőségirányítási rendszer egységességének biztosítása, alkalmazásának felügyelete és szabályozása;
- a vízrajzi tevékenységgel kapcsolatos mindenkori adatforgalmi rend előkészítése, elrendeltetése, aktualizálása és betartásának ellenőrzése;
- vízrajzi méréstechnikával, adatfeldolgozással és -értékeléssel kapcsolatos módszertani fejlesztések, műszaki szabályozások előkészítése, alkalmazásuk bevezetése;
- a vízrajzi állomáshálózat működésének felügyelete, a fenntartási tevékenység koordinálása, a hálózatfejlesztési tervezés irányítása;
- a több vízügyi szervezet vízrajzi tevékenységét érintő mérési, feldolgozási és értékelési feladatok koordinálása;
- középtávú és távlati vízrajzi fejlesztési tervek összeállítása, részvétel a normatív szabályozások előkészítésében;
- közreműködés és koordináció a kétoldalú határvízi egyezményeken alapuló adatcserék és közös mérések előkészítésében, egyeztetésében és ellenőrzésében;
- a vízgazdálkodási információs rendszer vízrajzi alrendszerének felügyelete és irányítása, a középtávú fejlesztés szakmai tervezetének és a távlati fejlesztés koncepciójának összeállítása, részvétel az ágazati igényekkel kapcsolatos összehangolásban;
- az OMIT működéséhez szükséges vízrajzi információk, hidrológiai elemzések és előrejelzések biztosítása, a Hidrológiai Szakcsoport feladatainak ellátása;
- eseti és rendszeres vízrajzi szakvélemények készítése, megkeresés alapján szakértői közreműködés hatósági eljárásokban;
- pályázati lehetőségek figyelése, pályázatokon való részvétel;