A VKKI Vízügyi Igazgatóságának szerepe a vízügyi szervezetben - az egykori OVF-hez hasonlóan - az operatív, középirányítói feladatok ellátása. Hátterét az állami vízügyi alapfeladatok, kiemelten a vízgazdálkodási törvényben, valamint a vízügyi igazgatási szervezet vízrajzi tevékenységről szóló, 22/1998. (XI.6.) KHVM rendeletben megfogalmazottak adják.

A vízrajz az előbbi alapfeladatok ellátásának hidrológiai megalapozottságát biz­tosító tevékenység, melynek eszköztárát elsősorban a hidrometria, az adat­fel­dol­gozás és hidrológiai elemzés képezi. Az elsődleges felhasználó vízkárelhárítás (beleértve a vízminőségi és aszálykár-elhárítást) és vízkészletgazdálkodás, valamint az operatív vízrajzi adatokat igénylő nemzetgazdasági ágazatok számára egyaránt meg­bíz­ható, időben rendelkezésre álló és egységes metodikán (szabályozás és mód­szertan) alapuló szolgáltatást kell nyújtani. A vízrajzi tevékenység adatgyűjtési és feldolgozási körének kiterjesztése alapján alkalmasnak kell lenni a nemzetközi (benne: EU VKI) adat­szolgáltatási kötelezettségek kiemelt részfeladatként való ellátására.