A sérülékeny környezetben lévő felszín alatti vízkészletek védelme során kiemelt fontosságú az ivóvíz hasznosításra már igénybevett és a hasznosításra kijelölt készletek, a felszín alatti ivóvízbázisok védelme. A vízbázisvédelmi diagnosztikai program célja a sérülékeny vízbázisokon monitoring rendszer kiépítése, optimalizálása, valamint a vízbázis jelenlegi állapotának meghatározása és a biztonságos fenntartást garantáló üzemeltetési utasítás elkészítése.

 A vízbázisvédelem végrehajtása során minden sérülékeny környezetű (az 50 éves elérési időt véve alapul) veszélyeztetett üzemelő vízbázison alapállapot-felmérést (diagnosztikai vizsgálatot) kell végezni. Ez fúrásos feltárásokkal történik a vízbázis környezetében uralkodó hidrogeológiai viszonyok megállapítására. A vízmintákon részletes, a lehetséges szennyezőkre is kiterjedő vízelemzéseket kell végezni a szennyezési folyamatok követésére.

Hidrogeológiai modellezéssel meg kell határozni a védőterület szükséges kiterjedését, fel kell tárni a védőterületen lévő szennyező források tényleges szennyező hatását, kockázatelemzéssel meg kell állapítani, hogy mely szennyező forrás milyen mértékű szennyezéssel járul hozzá a jelenlegi helyzet kialakulásához. A feltárt, tényleges szennyezések esetében alkalmazni kell a "fizessen a szennyező" elvet. Előrejelzést is kell készíteni arra, hogy a jelenlegi környezet fenntartása mellett hogyan alakul a víz minősége a következő 50 évben.

A diagnosztikai vizsgálat alapján biztonságba-helyezési terv készül a szükséges intézkedések összefoglalására. Ebben kell meghatározni, hogy mely szennyező forrásokat kell megszüntetni vagy korlátozni, milyen mértékben, milyen módszerrel, és melyeket lehet esetleg zavartalanul hagyni, mert nincs hatásuk a vízminőség alakulására. A legsürgősebb esetekben már az alapállapot felmérése közben sor kerülhet a biztonságba-helyezési intézkedések megkezdésére.