Magyarországon az elmúlt 20 évben, elsősorban a gyakori és jellemzően hibás szervezeti, illetve szervezési és gazdasági döntések miatt ("Magyarország vízgazdálkodása: helyzetkép és stratégiai feladatok" MTA Somlyódy 2011.) a vízgazdálkodás egyre kevésbé, sőt ma már mondhatjuk, egyáltalán nem tudja a gazdasági, társadalmi és éghajlati változásokban rejlő kihívásokat kezelni illetve a hazai vízkészletet, mint gazdasági erőforrást kihasználni.
Azt állítják egyesek, hogy a vízgazdálkodási feladatok ellátásánál elsődlegesen nem az intézményrendszernek kellene prioritást kapnia, hanem egyértelműen meg kell fogalmazni a vízgazdálkodással kapcsolatos feladatokat, majd ezek közül le kell válogatni, hogy az ország gazdasági állapota melyek ellátásához biztosítja a gazdasági hátteret és ennek meghatározását követheti az intézményrendszer kialakítása. Sajnos azt kell mondani, hogy ez egy folyamatosan változó szervezetalakítást jelent, amit lényegében az elmúlt 20 évben megtettük, amikor is 25 átszervezést élt meg a szolgálat, de nem lehet mondani, hogy a feladatellátás javult volna. (1. számú melléklet)
Az átszervezéseknek tulajdonított problémák közül néhányat az alábbiakban összegzünk:
A szervezet átalakításon túlmutató problémákat is azonosíthatunk:
A vízügyi szolgálat szakmai ismereteit jellemzően gyakorlati tapasztalatok útján lehet megszerezni, a vízügyi vezetők is a szakmában eltöltött munkasikerekkel bizonyított évek után választódtak ki, ami a szolgálatról a ?belterjes? intézmény képét alakította ki. Mára az állomány elöregedett, a szakmai tudást nincs kinek átadni, az alkalmasság gyengül. Hozzátesszük, hogy ezt a problémát felismerve a fiatalítást, a tapasztalatok átadását megkezdte a vízügy, de a szükséges teljes körű intézkedések végrehajtásához központi segítség szükséges, mert a jelenlegi helyzetben ez a folyamat is leáll?
Képtelenségnek tűnik, de mind a mai napig hat az úgynevezett "Bősi szindróma", ami nem más, mint a szocializmus lebontásánál politikai eszközként használt vízlépcső ellenesség vízügyi szervezettel és feladat ellátással történő azonosítása.
Az egységes és hatékony vízgazdálkodás alapja, hogy a víz, mint állami tulajdon képviselete megfelelő súllyal jelenjen meg a közigazgatási eljárásokban. A vízgazdálkodásról szóló törvény csak a felszín alatti vizek tulajdonjogát biztosítja az állam számára, a felszíni vizek vonatkozásában a tulajdoni paletta széles csak a vízjogi engedély feltételét rögzíti a vízhasználat jogszerűsítéséhez. Ezzel a vízkészlet-gazdálkodásért felelős igazgatási szervezet vélemény nyilvánítását megkerülhetővé teszi, ami a vizekkel való gazdálkodást ellenőrizhetetlenné, és ellentmondásossá teszi. Ezért első lépésben biztosítani kell a vízkészletek teljes körére az állam tulajdonosi jogait, majd el kell érni, hogy a környezetvédelmi és vízügyi igazgatóság, mint a vizek kezelője, ügyfélként a hatósági eljárásokban hatékonyan tudja képviselni a magyar állam vízzel kapcsolatos tulajdonosi érdekeit. Ezzel lehetővé válik a vízhasználatok szakszerű, az EU irányelveknek és a vízgyűjtő-gazdálkodási tervnek is megfelelő értékelése és az aktuális vízmérlegnek való megfeleltetése.
A vízgyűjtő-gazdálkodási tervezés során szerzett tapasztalat, hogy a hatósági tevékenységre összpontosító szakértők nehezen vonhatók be az operatív értékelési munkába. A vízminőségi feladatok megszűnésével egyes igazgatóságok ma nem is képesek ilyen irányú szakértői feladatokat ellátni. Ugyanakkor vannak igazgatóságok, ahol az állami feladatok eddig is szükségessé tettek vízminőségi (labor) tevékenységet, látszólag átfedést előidézve a felügyelőségi kapacitásokkal. Mindettől függetlenül az adatbázisok és informatikai rendszerek nem átjárhatók, komplex elemzést csak jelentős többletmunkával lehet készíteni. A VKI (EU Víz Keretirányelv) által megkövetelt ökológiai értékelés mindenképpen jelentős monitoring fejlesztést igényel. Tovább kell fejleszteni az ökológiai vízigény meghatározásának módszerét annak érdekében, hogy megalapozott döntéseket lehessen hozni a korábban engedélyezett, de káros vízhiányt generáló vízhasználatok felülvizsgálata során.
Az éghajlatváltozás" mint hajtóerő " felerősíti az öntözés és vízkészlet-gazdálkodásunk érzékeny pontjait. A területi és az időbeli szélsőségek fokozódnak, ez csökkenti a hasznosítható készleteket, és növeli a külföldről érkező vizek mennyiségével szembeni kiszolgáltatottságunkat, a tározás és a vízátvezetés jelentősége nő. A kisvízfolyásokon tározás nélkül gyakorlatilag nem lesz felhasználható készlet a nyári időszakban, ugyanakkor a tározás egyébként sem kedvező hidrológiai feltételei romlanak. Jelentősen növekedhet az öntözés és a halastavak vízigénye (ez elérheti az 50%-ot). Tovább nehezül az egyébként kívánatos öntözéses gazdálkodásra való átállás.
Az Alföldön a hasznosítható felszín alatti vízkészletek helyenként akár 50 %-kal csökkenhetnek, ami már az ivóvízellátást is veszélyezteti, illetve ha a felszín alatti vizekből történő ivóvízellátás prioritása megmarad, akkor egyéb igénynek kielégítésére nagy területeken nem lesz lehetőség. A talajvízkészletek csökkenését viszont általános tendenciaként lehet említeni, ami felveti a talajtározás fontosságát és alkalmazásának sürgős voltát húzza alá. Az éghajlatváltozás, a szárazodás, várhatóan növeli a vízhiányos területek nagyságát, főként az Dunántúli-középhegység karsztterületein, az Északi-középhegységben és az Alföldön, a nagy folyóktól távol eső területeken. A vízhiány viszont növeli a versengést, konfliktusokat szül, korlátozásokhoz, illetve hatékony ellenőrzés hiányában illegális vízhasználatokhoz vezet.